法律解析：

员工自动离职，用人单位应按照公司规定和相关法律法规进行处理。首先，应确认员工的离职情况，了解其离职原因。然后，根据公司的规章制度，对员工的离职手续进行办理，包括工作交接、财物归还等。如果员工的自动离职给公司造成了损失，公司可以依法追究其责任。

当员工自动离职时，用人单位需要妥善处理，以维护公司的正常运营和合法权益。以下是一些具体的处理步骤和注意事项：

1. 确认离职情况：用人单位应尽快与员工取得联系，确认其离职的意愿和原因。可以通过电话、邮件或其他书面形式进行沟通。如果员工无法联系到，用人单位可以根据公司的规章制度，视为自动离职。

2. 办理离职手续：根据公司的规定，要求员工办理离职手续。这包括交接工作内容、归还公司财物、结清工资和福利等。在办理离职手续时，用人单位应与员工进行详细的沟通，确保手续的顺利进行。

3. 工作交接：安排专人与离职员工进行工作交接，确保工作的连续性。交接内容应包括工作任务、工作文档、客户信息等。交接过程中，应要求交接双方签字确认，以避免后续的纠纷。

4. 财物归还：要求离职员工归还公司提供的办公用品、设备、文件等财物。用人单位可以对财物进行清查，如有遗失或损坏，应按照公司规定进行处理。

5. 工资结算：按照公司的工资制度和相关法律法规，结算离职员工的工资。如果员工存在旷工、违反公司规定等情况，用人单位可以根据规定扣除相应的工资。

6. 追究责任：如果员工的自动离职给公司造成了经济损失，用人单位可以依法追究其责任。例如，如果员工未提前通知离职，导致公司业务受到影响，公司可以要求员工相应的损失。在追究责任时，用人单位应提供充分的证据，以支持自己的主张。

7. 完善管理制度：员工自动离职反映了公司管理制度可能存在的问题。用人单位应借此机会，对公司的管理制度进行完善，加强员工的管理和沟通，避免类似情况的再次发生。

总之，员工自动离职是一种较为复杂的情况，用人单位应依法依规进行处理，维护公司的合法权益，同时也要尽量妥善解决问题，避免对公司的正常运营产生过大的影响。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条

用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。