员工自动离职，企业应及时通知员工返回工作或办理离职手续，保存相关证据，按照规章制度处理，并妥善处理后续事务。

当遇到员工自动离职时，企业首先要做的是尝试与该员工取得联系。可以通过电话、邮件等方式，通知其尽快返回工作岗位或者按照规定办理离职手续。同时，要注意保存好这些联系的记录，作为证据。

企业需要依据自身的规章制度来处理。如果规章制度中有明确关于自动离职的规定，那么就按照规定执行，可能包括视为旷工、扣除相应工资等。

在处理过程中，要确保程序的合法性和公正性。比如，在做出对员工不利的决定前，给予其合理的解释和申诉机会。

还需妥善处理后续事务。包括清理员工的工作用品和文件，交接工作给其他员工，停止发放工资、社保等福利待遇。如果员工涉及到企业的财产或机密信息，要采取相应的保护措施。

对于企业来说，为了避免类似情况的频繁发生，应完善规章制度，明确员工离职的程序和要求。同时，加强员工管理和沟通，及时了解员工的动态和需求。

总之，员工自动离职后，企业应冷静、妥善地处理，既要维护企业的合法权益，又要符合法律法规的要求。这对于保持企业的正常运营和良好秩序至关重要。

《中华人民共和国劳动合同法》 第三十八条

用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：

（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；

（二）未及时足额支付劳动报酬的；

（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；

（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；

（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。

用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。