年休假工资计算基数一般是应发工资，但存在特殊情况。

在确定年休假工资计算基数时，通常以应发工资作为依据。应发工资是指劳动者在提供正常劳动的情况下，按照劳动合同约定或国家规定应当得到的全部工资报酬，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。这是因为应发工资能更全面地反映劳动者的工资收入水平，更符合年休假工资计算的公平性和合理性原则。

根据相关法律法规，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这里所提到的“日工资收入”的计算，就是基于应发工资来确定的。

不过，也存在一些特殊情况。如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了年休假工资计算基数，且该约定不低于当地最低工资标准，那么可以按照约定执行。在某些地区，可能会根据当地的具体规定来确定计算基数。例如，有些地方规定在计算年休假工资时，剔除加班工资等部分项目。

需要注意的是，实发工资是在应发工资的基础上，扣除了个人所得税、社会保险费、住房公积金等各项代扣代缴费用后的实际到手工资。由于实发工资已经扣除了一些项目，不能准确反映劳动者的工资全貌，所以一般不作为年休假工资的计算基数。

年休假工资计算基数通常是应发工资，但要结合劳动合同约定和当地规定等具体情况来综合判断。

《职工带薪年休假条例》 第五条

单位根据生产、工作的具体情况，并考虑职工本人意愿，统筹安排职工年休假。

年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。

单位确因工作需要不能安排职工休年休假的，经职工本人同意，可以不安排职工休年休假。对职工应休未休的年休假天数，单位应当按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。