法律解析：

发现员工吃回扣，应根据具体情况采取不同措施，可能包括调查核实、追回损失、给予纪律处分甚至追究法律责任等。

当遇到员工吃回扣的情况，首先要进行全面深入的调查核实。这需要收集相关证据，如交易记录、往来邮件、沟通信息等，以确凿地证实员工存在这种不当行为。在调查过程中，要保持客观公正，避免仅凭猜测或单一证据就下结论。

一旦证据确凿，接下来要考虑追回因员工吃回扣而导致的公司损失。可以通过与员工协商，要求其退还回扣金额，或者通过法律途径来追回损失。

对于涉事员工，应根据公司的规章制度给予相应的纪律处分。这可能包括警告、罚款、降职、解雇等措施。纪律处分的目的不仅是对该员工的行为进行惩戒，也是对其他员工起到警示作用，防止类似行为的再次发生。

如果员工吃回扣的行为涉及到违法犯罪，如受贿、商业贿赂等，公司还应该及时向相关执法部门报告，配合调查，依法追究员工的法律责任。同时，公司也需要反思自身的管理和监督机制，查找漏洞并加以完善，以预防类似问题的再次出现。还应加强员工的职业道德教育和培训，提高员工的廉洁意识和职业操守，从源头上减少此类问题的发生。

法律依据：

《工资支付暂行规定》第十六条

因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。