公司协议既可以盖公章也可以盖合同章。

在商业活动和法律事务中，公章和合同章都具有重要的法律效力。公章是公司对外的法定代表标志，通常用于证明公司的身份、授权和认可。合同章则是专门为签订合同而设立的印章。

对于公司协议来说，无论是盖公章还是合同章，在法律上一般都是有效的。公章的使用范围较为广泛，可以涵盖各种类型的文件和事务，包括协议。它代表着公司的整体意志和认可。

合同章则更侧重于合同类的文件。在一些公司中，可能会明确规定特定类型的协议必须使用合同章。这样做有助于明确合同的性质和专门的管理。

实际操作中，关键不在于印章的具体类型，而在于印章的使用是否得到了公司的合法授权。如果公司有明确的内部规定或授权程序，那么按照规定使用相应的印章是必要的。同时，协议的其他要素，如双方的真实意思表示、合同条款的合法性和完整性等，也是确保协议有效性的重要因素。

为了避免纠纷和法律风险，建议在签订协议时，双方应明确约定使用的印章类型，并确保印章的真实性和合法性。如果对印章的使用存在疑问或争议，可以参考公司的章程、内部规章制度以及相关法律法规进行判断和解决。

总之，公司协议盖公章或合同章均可，但需遵循公司规定和法律要求，以保障协议的法律效力和双方的权益。在重要的商业协议中，务必谨慎处理印章的使用问题，以确保交易的安全和顺利进行。

《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。