法律解析：

可以通过多种方式保留提交离职申请书的证据，比如使用邮件发送并留存记录、通过快递邮寄并保留底单、让同事见证等。

当员工决定提交离职申请书时，保留证据是很重要的，以下是一些可行的方法。

通过电子邮件发送离职申请书是常见且有效的方式。在发送邮件时，确保将收件人设置正确，包括直接上级、人力资源部门等相关人员。同时，要将邮件设置为“要求送达回执”，这样可以知道对方是否已经收到邮件。另外，将邮件保存在自己的邮箱中，不要随意删除，这就是一份有力的证据。

使用快递邮寄离职申请书也是可靠的方法。选择知名的快递公司，在快递单上明确注明文件名称为“离职申请书”。保留好快递底单，它可以证明在特定时间提交了离职申请。

在提交离职申请书时，可以邀请一位或多位同事作为见证。让他们知晓提交的时间和过程，必要时可以请他们出具书面证明。

如果公司有专门的办公系统用于提交文件，那么在系统中提交离职申请书并截图保存，也是一种证据留存方式。

还可以将离职申请书的纸质版本复印几份，自己留存一份。如果可能的话，在提交时可以让接收人签字确认收到，这也是一种直接的证据。

总之，通过多种途径保留提交离职申请书的证据，可以在日后可能出现的纠纷中，为自己提供有力的支持。要注意的是，无论选择哪种方式，都要确保证据的完整性和可追溯性。证据的充分和可靠对于维护自己的合法权益至关重要。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条

用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。

第三十七条

劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。

《中华人民共和国劳动法》第三十一条

劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位。