法律解析：

职工自动离职后，公司应按照以下步骤办理手续：1. 确认离职事实；2. 通知职工回公司办理交接手续；3. 进行工作交接；4. 结算工资和福利待遇；5. 办理离职证明；6. 办理社保、公积金等停缴手续；7. 清理公司财物和文件。

当职工自动离职时，公司需要妥善处理相关事宜，以确保公司的正常运营和合法权益。以下是公司办理职工自动离职手续的详细步骤：

1. 确认离职事实：公司应通过各种方式（如电话、邮件、短信等）与职工联系，确认其自动离职的事实，并要求其回公司办理相关手续。如果职工无法联系到，公司可以通过公告等方式进行告知。

2. 通知职工回公司办理交接手续：公司应以书面形式通知职工在规定的时间内回公司办理工作交接手续。通知中应明确交接的内容、时间、地点和要求等。

3. 进行工作交接：职工回公司后，公司应安排专人与职工进行工作交接。交接内容包括工作任务、工作文档、客户资料、办公用品等。交接过程中，双方应认真核对交接内容，并签字确认。

4. 结算工资和福利待遇：根据公司的规定和职工的实际工作情况，公司应结算职工的工资、奖金、津贴、补贴等福利待遇。结算时，公司应按照法律法规的规定扣除职工应承担的费用（如个人所得税、社会保险费、住房公积金等）。

5. 办理离职证明：公司应为职工开具离职证明，证明职工的姓名、身份证号码、工作岗位、工作时间、离职原因等信息。离职证明是职工办理其他手续（如社保转移、公积金提取等）的重要依据，公司应如实填写并加盖公章。

6. 办理社保、公积金等停缴手续：公司应在职工离职后的规定时间内，办理社保、公积金等停缴手续。办理停缴手续时，公司应向社保、公积金管理部门提交相关材料，如职工离职证明、社保减员表、公积金封存申请表等。

7. 清理公司财物和文件：职工离职后，公司应清理职工使用的公司财物（如电脑、手机、办公用品等）和文件（如工作文档、合同、协议等）。对于职工借用的公司财物，公司应要求职工归还；对于职工掌握的公司文件，公司应要求职工移交或销毁。

总之，职工自动离职后，公司应按照法律法规和公司的规定，妥善办理相关手续，以避免出现法律纠纷和经济损失。

法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条

用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。