辞退员工补偿按应发工资计算。

根据《中华人民共和国劳动合同法》规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里所指的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。而法律明确该“月工资”是按照劳动者应发工资来确定的。

应发工资是指用人单位按照劳动合同约定或者国家规定应当向劳动者支付的工资报酬，它包含了基本工资、奖金、津贴、补贴等各项收入，是在扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等费用之前的工资总额。例如，劳动者每月基本工资为5000元，还有业绩奖金1000元，各项津贴500元，那么其应发工资就是6500元。

实发工资则是劳动者实际拿到手的工资，是应发工资扣除了个人所得税、社保个人缴纳部分、公积金个人缴纳部分等费用后的金额。以刚才例子来说，如果扣除个人所得税100元，社保和公积金个人缴纳部分共500元，那么实发工资就是5900元。

按照应发工资计算经济补偿更为合理和公平。因为这些扣除项目本身也是劳动者劳动所得的一部分，只是依法依规进行了扣除。如果按照实发工资计算，会使劳动者的经济补偿数额降低，不能充分保障劳动者的合法权益。比如在一些工资结构中奖金占比较大的情况下，若按实发工资计算，可能会导致经济补偿与劳动者实际劳动贡献不匹配。所以，在计算辞退员工补偿时，应当以应发工资为标准。

《中华人民共和国劳动合同法》 第四十七条

经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。

劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。

本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。