员工借款不还，以下是合法的处理方式：

1. 沟通协商。首先，以平和、理性的方式与员工进行沟通，了解其未还款的原因，并尝试协商还款计划。

2. 发送书面通知。若沟通无果，向员工发送正式的书面通知，要求其在规定的期限内还款，并说明不还的法律后果。

3. 从中扣除。在合法合规且有相关约定的前提下，可以从员工的工资中逐步扣除欠款，但要确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。

4. 提起诉讼。如果员工仍然拒绝还款，可以向法院提起，通过法律途径来追讨欠款。在诉讼过程中，要准备好相关的借款证据，如、转账记录、聊天记录等。

需要注意的是，在处理过程中，要严格遵守法律法规和公司的规章制度，确保所有行为都是合法合理的。

《中华人民共和国民法典》 第六百七十五条

借款人应当按照约定的期限返还借款。对借款期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，借款人可以随时返还；贷款人可以催告借款人在合理期限内返还。

《中华人民共和国民法典》 第六百七十六条

借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。