农村自建别墅屋顶搬迁补偿规定，并无法律法规统一规定，而是由当地政府机构规定。《中华人民共和国土地管理法》第四十八条征收土地资源应当给予公平、公正、有效的补偿，保证被征地农民原有生活水平不降低，长远生计得到保障。征收土地的，必须按照法律规定及时足额支付土地征用补偿费、安置补助费以及农村居民房屋、其他地上附着物、地上农作物等补偿费，并缴纳社会保险费。被征地农民的费用应当予以分配。征用农村土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治州、市辖区通过公布各地区综合地价制定。制定地区综合地价时，应考虑土地资源原主要用途、土壤资源标准、土地资源年产值、土地资源区位优势、土地资源供求情况、人口规模和社会快速发展程度等因素。经济发展要综合考虑，至少每三年调整一次或发布一次。征收农用地、地上附着物、地上青苗以外的土地的补偿办法，由省、自治州、市辖区制定。对于农村居民住房，要按照先补偿后拆的标准，提高安置标准，关注农民意愿，以重新考虑建房的方式提供公平补偿。对农村宅基地，提供拆迁安置房或者货币补偿。公平有效的补偿，以及因征收而产生的拆迁、临时安装等费用的补偿，保障农民权益和住宅资产的合理合法利益。县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老服务等社会保障管理体系。被征地农民社会保险费用主要用于补贴符合条件的被征地农民社会养老保险和其他社会保障费。被征地农民社会保障费用的筹措、管理和使用办法，由省、自治州、市辖区制定。第四十九条被征收土地的农村集体经济组织应当向集体经济组织成员公布被征收土地补偿费的收支情况，并接受监督。严禁侵占、挪用国土资源企业征地补偿费及其他相关费用。第五十条各地政府应当支持农村集体经济组织和被征地农民从事企业开发、设计、经营、开办公司。第五十一条大、中、小型水利工程、水电装置基本建设征用土地的补偿标准和安置投资、安装办法，由国务院办公厅另行规定。第五十二条生态资源主管部门在论证项目建设项目可行性时，可以根据土地资源利用总体规划、土地资源利用年度工作计划和土地规格，对土地相关事项进行核查并提出建议。第五十三条批准的项目建设必须使用国有土地的，建设单位应当持有法律、法规、行政法规规定的有关文件，并向市级以上人民政府生态资源管理机构提出用地申请。有审批权的县级人民政府的申请，由生态资源主管部门审核，报设区的市人民政府批准。第五十四条建设单位使用的集体土地应当以出让或者其他有偿服务申请的方式取得；但是，下列土地，经县级以上人民政府按照规定批准，可以以划拨形式取得：党政机关经营性用地、国防经营性用地；大城市基础设施建设用地和公益慈善用地；我国重点支持的电力能源、交通、水利等基础设施建设商品用地；法律、法规、行政法规规定的其他经营性用地。

一般情况下，政府机关的搬迁工作不能简单地搬迁屋顶。对于政府机构来说，搬迁过程中最重要的是保护被拆迁人的生命安全。如果他们想占用农村的自建房屋，仅仅把屋顶拆掉是不可能的。