法律解析：

农村房子被淹，可以根据具体情况向多个部门投诉，比如当地政府、水利部门、防汛抗旱指挥部等。

当农村房子遭遇水淹的情况时，首先需要明确导致水淹的原因。如果是因为自然灾害，如暴雨、洪水等不可抗力因素，那么可能需要向当地政府相关部门反映情况，寻求帮助和支持，比如民政部门，他们可能会提供一些救灾物资或相关的救助措施。

如果水淹是由于人为原因造成的，比如附近的工程施工不当导致排水系统受阻，或者是其他人为因素影响了正常的水流走向等，那么可以向相关的责任部门进行投诉。例如，若是水利工程问题，可以向水利部门反映；如果是因为城市建设或其他工程项目导致的，也可以向对应的建设主管部门投诉。

此外，还可以向当地的防汛抗旱指挥部反映情况。防汛抗旱指挥部在应对洪涝灾害等方面有着重要的职责和作用，他们可以协调各方面的资源来解决问题。

在投诉的过程中，要注意收集相关的证据，如照片、视频等，以便能够更好地说明问题和维护自己的权益。同时，要保持理性和冷静，通过合法、合理的途径来表达自己的诉求，推动问题的解决。

总之，农村房子被淹后要根据具体情况确定投诉对象，通过有效的途径来争取自己的合法权益得到保障。

法律依据：

《自然灾害救助条例》 第十九条

自然灾害危险消除后，受灾地区人民政府应当统筹研究制订居民住房恢复重建规划和优惠政策，组织重建或者修缮因灾损毁的居民住房，对恢复重建确有困难的家庭予以重点帮扶。居民住房恢复重建应当因地制宜、经济实用，确保房屋建设质量符合防灾减灾要求。受灾地区人民政府民政等部门应当向经审核确认的居民住房恢复重建补助对象发放补助资金和物资，住房城乡建设等部门应当为受灾人员重建或者修缮因灾损毁的居民住房提供必要的技术支持。