当员工旷工对公司造成损失时，公司可以依据相关规章制度进行处理，可能包括扣除工资、解除劳动合同等措施，同时可要求员工承担相应的赔偿责任。

员工旷工的行为违反了劳动纪律和劳动合同的约定，给公司带来损失是需要妥善处理的。公司应确保自身有完善且合法的规章制度，明确旷工的认定标准和相应的处理措施。在发现员工旷工时，及时按照规定进行处理，如进行书面警告等。

如果因旷工导致了直接的经济损失，公司有权要求员工承担责任。这需要公司能够明确证明损失的具体数额以及与员工旷工之间的因果关系。例如，因员工未到岗导致重要项目延误或等。

在处理过程中，要注意遵循合法合规的原则。扣除工资时，不能违反最低工资标准等相关法律法规。解除劳动合同时，要确保符合法定的解除条件和程序。

同时，公司应保留好相关的证据，如考勤记录、相关业务受影响的证明等，以备可能的纠纷处理。公司也可以考虑与员工进行沟通和协商，了解旷工的原因，看是否有解决问题或挽回损失的可能，避免矛盾的进一步激化。总之，对于员工旷工造成损失的处理，公司应依法依规，兼顾公平与合理，以维护公司的合法权益和正常运营秩序。

《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条

劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。