法律解析：

公司应与员工协商沟通，明确双方权利义务，并根据具体情况依法依规进行处理。

当遇到员工自己缴纳社保的情况，公司首先需要与员工进行充分的沟通和协商。了解员工选择自行缴纳社保的原因，是出于个人特殊需求还是其他因素。

公司应当明确告知员工自行缴纳社保可能存在的问题和风险。比如，可能会影响到员工在公司的一些福利待遇，或者在社保权益认定等方面产生混淆。

从法律角度来看，公司有义务为员工缴纳法定的社会保险。但如果员工坚持自行缴纳，公司可以考虑与员工签订相关协议，明确双方对于社保缴纳的责任和义务。协议中应包括员工自行缴纳社保的具体情况说明、对可能出现问题的责任划分等内容。

同时，公司要保留好相关的沟通记录和协议文本，以备可能出现的法律纠纷。在日常管理中，也需关注员工社保缴纳的动态，确保公司的运营符合法律法规的要求。

公司还应关注当地社保政策的变化，及时调整公司的社保管理策略。如果员工自行缴纳社保的行为不符合政策规定，公司应及时提醒并协助员工进行整改。

总之，公司在处理员工自己缴纳社保的问题时，要以法律为依据，充分尊重员工的意愿，通过协商和协议的方式明确双方责任，确保公司和员工的权益都能得到保障。

法律依据：

《中华人民共和国社会保险法》第六十条

用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。

无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。