农民工夜间加班工资的计算通常是在正常工资的基础上，按照法律规定的比例进行增加。

农民工夜间加班工资的具体计算方式需要依据相关法律法规和劳动合同的约定。一般来说，在我国，加班工资的计算会区分不同的情况。

首先，要明确正常工作时间的工资标准。这通常是劳动合同中约定的工资数额或者是按照当地最低工资标准来确定。

对于夜间加班，根据《劳动法》的规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。在夜间加班的情况下，加班工资通常不低于正常工资的 150%。也就是说，如果正常工资是每小时 10 元，那么夜间加班每小时至少应该获得 15 元。

此外，如果是在法定节假日夜间加班，加班工资则不低于正常工资的 300%。

值得注意的是，有些用人单位可能会通过特殊的补贴、津贴等方式来支付农民工的夜间加班费用，但这并不影响劳动者依法享有的加班工资权利。

为了保障自身权益，农民工应该注意以下几点：一是要与用人单位签订明确的劳动合同，明确工资标准和加班工资的计算方式；二是要保留好加班的相关证据，如考勤记录、加班通知等；三是如果用人单位未依法支付加班工资，要及时通过合法途径进行维权，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

《中华人民共和国劳动法》第四十四条