一、劳动合同如何扣除违约金

劳动合同中扣除违约金需遵循以下原则：

（一）合法约定违约金情形

1. 服务期约定：如果用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，可以与劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

2. 竞业限制约定：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

（二）违约金扣除的限制

除了上述两种法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果用人单位在其他情形下扣除违约金属于违法行为。

二、劳动合同违约金无效吗

劳动合同违约金并非一概无效。

（一）在以下两种情况下，违约金约定是有效的：

1. 服务期约定中的违约金。如果用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。不过，违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

2. 竞业限制约定中的违约金。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

除了上述两种情况外，用人单位与劳动者约定由劳动者承担违约金的条款通常是无效的。

三、劳动合同违约金吗

在上海，劳动合同中是否存在违约金需要根据具体情况判断。

（一）可以约定违约金的情形

1. 服务期约定。如果用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，可以与劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。

2. 竞业限制约定。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

（二）除了上述两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果劳动合同中约定了其他情形下的违约金条款，该条款可能被认定为无效条款。

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