单位合并后工资的发放通常会依据合并时所达成的协议、新单位的工资政策以及原劳动合同的相关约定来执行。

单位合并是一个较为复杂的过程，涉及到多个方面，包括工资发放问题。在单位合并的情况下，工资的发放首先要考虑合并过程中的相关协议和安排。一般来说，合并双方会在合并前就工资发放的事宜进行协商和确定，并形成具有法律效力的文件。

新单位的工资政策也会对合并后的工资发放产生影响。如果新单位有统一的工资体系和发放标准，那么可能会按照新的政策执行。但在这个过程中，应当充分考虑到员工的权益，尤其是对于原单位工资水平较高的员工，可能会采取一定的过渡措施，以保障其合理的收入水平。

原劳动合同的约定也是重要的依据。如果原劳动合同中对工资的发放有明确的条款，那么在合并后，这些条款仍然应当得到尊重和执行。如果合并导致原劳动合同无法继续履行，那么单位应当与员工协商变更劳动合同，包括工资发放的相关内容。

还需要考虑法律的规定。我国劳动法律法规对劳动者的工资权益有明确的保护，单位合并不能成为损害员工工资权益的理由。如果员工认为自己的工资发放存在问题，可以通过与单位协商、向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。

总之，单位合并后工资的发放应当遵循合法、公平、合理的原则，充分保障员工的权益，同时也要符合单位合并后的整体运营和管理需要。

《中华人民共和国劳动合同法》 第三十四条

用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。

《中华人民共和国劳动合同法》 第三十五条

用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。

变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。