根据《企业会计准则第 22 号——金融工具确认和计量》的规定，企业逾期三年以上的应收款项在会计上已作为损失处理的，应当披露相关信息，根据《中国注册会计师审计准则第 1502 号——在审计报告中发表非无保留意见》的规定，如果注册会计师认为根据获取的审计证据，得出不存在重大错报的结论是不恰当的，注册会计师应当发表保留意见或否定意见。

企业逾期三年以上的应收款项在会计上已作为损失处理的，需要根据具体情况判断是否需要出具专项报告，如果需要出具专项报告，注册会计师应当在审计报告中增加强调事项段，说明应收款项的性质、金额以及对财务报表的影响等。

建议参考：

1、企业应当建立健全内部控制制度，加强对应收款项的管理，及时清理逾期应收款项，避免形成损失。

2、企业应当按照会计准则的规定，对逾期三年以上的应收款项进行减值测试，并根据测试结果计提坏账准备。

3、企业应当及时向注册会计师提供相关资料，以便注册会计师进行审计。

相关法条：

1、《企业会计准则第 22 号——金融工具确认和计量》：企业应当在资产负债表日对以公允价值计量且其变动计入当期损益的金融资产以外的金融资产的账面价值进行检查，有客观证据表明该金融资产发生减值的，应当计提减值准备。

2、《中国注册会计师审计准则第 1502 号——在审计报告中发表非无保留意见》：当存在下列情形之一时，注册会计师应当发表保留意见：（一）在获取充分、适当的审计证据后，注册会计师认为错报单独或汇总起来对财务报表影响重大，但不具有广泛性；（二）注册会计师无法获取充分、适当的审计证据以作为形成审计意见的基础，但认为未发现的错报（如存在）对财务报表可能产生的影响重大，但不具有广泛性。

小编总结：

企业逾期三年以上的应收款项在会计上已作为损失处理的，是否需要出具专项报告，需要根据具体情况判断，如果需要出具专项报告，注册会计师应当在审计报告中增加强调事项段，说明应收款项的性质、金额以及对财务报表的影响等，企业应当建立健全内部控制制度，加强对应收款项的管理，及时清理逾期应收款项，避免形成损失，企业应当按照会计准则的规定，对逾期三年以上的应收款项进行减值测试，并根据测试结果计提坏账准备。