违规发放补贴的整改措施包括停止违规行为、追回已发放补贴、完善制度、加强监督、对相关人员进行处理和教育等。

当发现存在违规发放补贴的情况时，以下是一些有效的整改措施。必须立即停止违规发放补贴的行为，防止问题进一步扩大。同时，对于已经违规发放出去的补贴，要采取措施进行追回，以减少损失。

需要对相关的制度和规定进行全面的梳理和完善。明确补贴发放的标准、程序、范围等，确保今后的补贴发放有章可循、合规合理。

要加强内部监督和审计机制，建立定期的检查和审核制度，及时发现和纠正可能出现的违规行为。监督的强化能够起到有效的预防作用。

对于涉及违规发放补贴的相关人员，要根据具体情况进行相应的处理。如果存在故意违规或严重失职的行为，应当给予严肃的纪律处分甚至法律追究。同时，也要对所有相关人员进行教育和培训，提高他们对合规性的认识和重视程度。

要将整改情况进行公开和透明，接受社会的监督。这样不仅能够表明整改的决心和力度，也有助于提高公众对单位的信任度。总之，通过以上一系列的整改措施，可以有效地纠正违规发放补贴的问题，建立起规范、公正、透明的补贴发放机制。

《违规发放津贴补贴行为处分规定》第三条

有违规发放津贴补贴行为的单位，其负有责任的领导人员和直接责任人员，以及有违规发放津贴补贴行为的个人，应当承担纪律责任。属于下列人员的，由任免机关或者监察机关按照管理权限依法给予处分：

（一）行政机关公务员；

（二）法律、法规授权的具有公共事务管理职能的事业单位中经批准参照《中华人民共和国公务员法》管理的工作人员。

法律、行政法规对违规发放津贴补贴行为的处分另有规定的，从其规定。