认定房屋主体结构质量不合格，通常可以从以下几个方面进行判断：

1. 查看设计文件和施工资料：包括房屋的设计图纸、施工方案、材料检验报告等。如果设计不符合规范要求，或者施工过程中使用的材料、工艺存在问题，可能导致主体结构质量不合格。

2. 检查结构构件的外观：观察梁、柱、墙等主要结构构件是否有裂缝、变形、露筋、剥落等明显缺陷。裂缝的宽度、长度、分布位置和形态等都可能是判断主体结构质量的重要依据。

3. 进行结构检测：通过专业的检测手段，如回弹法检测混凝土强度、超声波检测构件内部缺陷等。检测结果可以直接反映主体结构的实际质量状况。

4. 对比相关标准和规范：参考国家和地方的建筑设计、施工及验收规范，判断房屋主体结构的各项指标是否符合标准。

5. 考虑房屋的使用性能：如果房屋出现不均匀沉降、倾斜等情况，影响正常使用，也可能表明主体结构存在质量问题。

需要注意的是，房屋主体结构质量的认定需要由具备相应的专业机构或人员进行，以确保判断的准确性和权威性。

《民法典》第七百九十五条

施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。

第七百八十一条

承揽人交付的工作成果不符合质量要求的，定作人可以合理选择请求承揽人承担修理、重作、减少报酬、赔偿损失等违约责任。