法律解析：

认定房屋主体结构质量不合格，通常需要依据专业的鉴定机构出具的鉴定报告，综合考虑设计文件、施工记录、建筑材料质量、结构构件的承载能力、稳定性等多方面因素。

房屋主体结构质量是否合格是一个严肃且复杂的问题，其认定需要遵循一系列的标准和程序。首先，从法律和规范的角度来看，要依据国家及地方相关的建筑法律法规、建筑设计规范和施工质量验收标准。这些规范性文件为判断房屋主体结构质量提供了基本的准则和要求。

在实际操作中，专业的鉴定机构起着关键作用。鉴定机构会对房屋进行全面、深入的检测和评估。检测内容包括但不限于：对混凝土强度、钢筋配置、砌体结构的稳定性等进行检测；检查基础的沉降情况，看是否超出了正常范围；评估梁柱等主要结构构件的承载能力是否满足设计要求。

设计文件和施工记录也是重要的参考依据。如果设计存在缺陷或者施工过程中未按照设计要求进行施工，如擅自更改结构形式、使用不符合标准的建筑材料等，都可能导致房屋主体结构质量不合格。

此外，还需考虑房屋在使用过程中出现的异常情况。比如，墙体出现严重裂缝、梁柱变形、房屋倾斜等明显的结构损坏迹象。但这些表象并不足以直接认定主体结构质量不合格，仍需通过专业的检测和分析来确定其根本原因和影响程度。

总之，认定房屋主体结构质量不合格是一个综合性的工作，需要综合运用法律规定、专业知识和技术手段，以确保结论的准确性和公正性。这不仅关系到房屋的安全性和使用价值，也涉及到业主的合法权益和公共安全。

法律依据：

《民法典》第七百九十五条

施工合同的内容一般包括工程范围、建设工期、中间交工工程的开工和竣工时间、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期、相互协作等条款。

第七百八十一条

承揽人交付的工作成果不符合质量要求的，定作人可以合理选择请求承揽人承担修理、重作、减少报酬、赔偿损失等违约责任。