证书的审批和核发部门是国家部门。

国家药品管理部门负责组织中药品种的审评和审批工作，以确定是否授予中药品种保护证书。这一过程需要对申请保护的中药品种进行严格的审查，包括品种的安全性、有效性、质量可控性等方面。

其审批核发工作是基于相关法律法规和严格的标准流程进行的，旨在保障中药品种的独特性和质量，促进中医药产业的健康发展。

《中药品种保护条例》第九条

申请办理中药品种保护的程序：

（一）中药生产企业对其生产的符合本条例第五条、第六条、第七条、第八条规定的中药品种，可以向所在地省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门提出申请，由省、自治区、直辖市人民政府药品监督管理部门初审签署意见后，报国务院药品监督管理部门。特殊情况下，中药生产企业也可以直接向国务院药品监督管理部门提出申请。

（二）国务院药品监督管理部门委托国家中药品种保护审评委员会负责对申请保护的中药品种进行审评。国家中药品种保护审评委员会应当自接到申请报告书之日起六个月内作出审评结论。

（三）根据国家中药品种保护审评委员会的审评结论，由国务院药品监督管理部门决定是否给予保护。批准保护的中药品种，由国务院药品监督管理部门发给《中药保护品种证书》。