当被单位扣下来时，职工可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1.向工伤保险经办机构申诉：工伤职工可以向所在地区的工伤保险经办机构提出申诉，要求其责令用人单位支付工伤赔偿。经办机构会对申诉进行调查，并作出处理决定。

2.申请仲裁：如果工伤保险经办机构不予受理申诉或处理结果不满意，工伤职工可以申请仲裁。劳动仲裁机构会对进行审理，并作出仲裁裁决。

3.提起诉讼：如果仲裁裁决仍不能解决问题，工伤职工可以向提讼，要求用人单位支付工伤赔偿。法院会对案件进行审理，并作出判决。

在维护自身权益的过程中，工伤职工需要注意以下几个问题：

1.及时收集证据：工伤职工要及时收集工伤事实、伤情鉴定报告、医疗费收据、误工费证明等相关证据，作为申诉、仲裁或的依据。

2.注意诉讼时效：工伤职工在受伤后1年内提出工伤认定申请，在工伤认定后1年内提出工伤赔偿请求。超过诉讼时效的，法院可能不会受理诉讼。

3.维权途径选择：工伤职工可以根据自身情况选择申诉、仲裁或诉讼的维权途径。申诉适合于金额较小、事实清楚的案件；仲裁适合于金额较大和争议较大的案件；诉讼适合于仲裁裁决不服或金额较大、争议较大的案件。

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