一、犯罪嫌疑人违背意愿认罪认罚检察院怎样处理

1、经审查，犯罪嫌疑人违背意愿认罪认罚的，人民检察院可以重新开展认罪认罚工作。存在刑讯逼供等非法取证行为的，依照法律规定处理。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第二百七十一条

二、认罪认罚后可以反悔吗

犯罪嫌疑人认罪认罚后反悔是可以的。

办理认罪认罚的案件必须要确保他的认罪认罚是自愿的。对侦查过程中是否自愿认罪，他的取证过程是否合法，有没有刑讯逼供这类的违法行为，检察机关必须加强法律监督，作为重点的审查内容。

同样，检察机关起诉到的案件，法院在法庭上仍然是要向被告人告知诉讼权利，明确他认罪认罚的法律后果，同时重点审查他认罪的自愿性和认罪过程的合法性。如果在侦查过程中通过刑讯逼供这类的手段造成认罪的，一是要纠正违法行为，同时认罪的供述是不能作为认定犯罪的证据使用的。

检察机关根据犯罪事实和对社会危害程度以及认罪认罚的情况，依法提出从宽处罚的量刑建议，人民法院在做出判决时一般应采纳人民检察院指控的和量刑建议。

依据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，经审查，犯罪嫌疑人违背意愿认罪认罚的，人民检察院可以重新开展认罪认罚工作。存在刑讯逼供等非法取证行为的，依照法律规定处理。希望以上内容能对你有所帮助，如果你还有其他问题可以点击下方按钮咨询，或者到合飞律师网咨询专业律师。