法律解析：

履约保证金和质量保证金在一定条件下可能会影响增值税的计算，但不能简单地说它们可以直接抵扣增值税。

履约保证金是指为合同的履行所提供的一种金钱保证。在合同履行过程中，如果一方违反合同约定，履约保证金可能会被没收。然而，履约保证金本身并不是增值税的应税行为，它的收取和退还并不直接涉及增值税的抵扣问题。

质量保证金是在合同中约定的，用于保证产品或服务质量的款项。在质量保证期内，如果产品或服务没有出现质量问题，质量保证金会退还给提供产品或服务的一方；如果出现质量问题，购买方可能会扣除相应的质量保证金作为。在这种情况下，质量保证金的扣除可能会涉及到增值税的问题。

如果质量保证金的扣除是因为销售方提供的产品或服务存在质量问题，导致购买方要求减少支付价款，那么这种情况下，销售方应该按照减少后的价款计算增值税销项税额。也就是说，质量保证金的扣除实际上是减少了销售方的销售额，从而影响了增值税的计算。

需要注意的是，无论是履约保证金还是质量保证金，其是否会影响增值税的抵扣，都需要根据具体的合同约定和实际情况来判断。如果在合同中明确规定了保证金的性质、用途、退还条件等，那么在处理增值税问题时，应该按照合同的约定来进行。同时，税务机关在对增值税进行征管时，也会根据相关的法律法规和税收政策，对企业的纳税行为进行审核和监督。

总之，履约保证金和质量保证金与增值税的关系较为复杂，不能一概而论地认为它们可以抵扣增值税。企业在处理相关业务时，应该咨询专业的税务顾问，以确保税务处理的合法性和准确性。

法律依据：

《中华人民共和国增值税暂行条例》 第一条

在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。

《中华人民共和国增值税暂行条例》 第三条

纳税人兼营不同税率的货物或者应税劳务，应当分别核算不同税率货物或者应税劳务的销售额；未分别核算销售额的，从高适用税率。

《中华人民共和国增值税暂行条例》 第四条

除本条例第十一条规定外，纳税人销售货物或者提供应税劳务，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额-当期进项税额。当期销项税额小于当期进项税额不足抵扣时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。