法律解析：

因家庭暴力分居两年的，可以通过协议离婚或诉讼离婚的方式办理。协议离婚需双方就离婚相关事宜达成一致并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记；诉讼离婚则一方向法院提起离婚诉讼，由法院进行审理和判决。

当遭遇家庭暴力并分居两年后，办理可以按以下步骤进行。首先是协议离婚，双方需协商一致，包括对子女抚养、财产分割、债务承担等问题达成协议，然后共同到一方常住户口所在地的婚姻登记机关提出离婚申请。婚姻登记机关会对离婚申请进行审查，自受理申请之日起三十日内，如双方未撤回申请，且在三十日后的三十日内亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为离婚。

如果无法通过协议离婚，那么可以选择诉讼离婚。一方需向有管辖权的法院提起，向法院提交和相关证据，证明存在家庭暴力以及分居两年的事实等。法院受理后会进行审理，在审理过程中会组织调解，调解无效的，会根据事实和法律进行判决。法院判决离婚的标准是夫妻感情确已破裂，而家庭暴力和因之导致的长期分居，通常可作为认定感情破裂的重要依据。

需要注意的是，在整个过程中，要注意收集和保留相关证据，比如报警记录、医院诊断证明、证人证言、聊天记录等，以证明家庭暴力的存在和分居的事实。同时，要维护好自己的合法权益，尤其是在财产分割和子女抚养等方面。如果对法律程序和相关权益不太清楚，建议咨询专业。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。