工商部门对于农药残留超标商家的处罚方式包括责令改正、罚款、没收违法所得、吊销营业执照等。

工商部门在处理农药残留超标商家时，会依据相关法律法规和具体情况采取相应的处罚措施。可能会责令商家立即停止销售农药残留超标的产品，并要求其采取措施整改，确保后续产品符合标准。会根据违法情节的轻重处以一定数额的罚款，罚款的金额通常根据超标程度、销售数量等因素来确定。同时，对于商家通过销售超标产品所获得的违法所得，也会依法予以没收。

如果商家的违法行为较为严重，屡教不改或者造成了较大的危害后果，工商部门还有权吊销其营业执照，使其丧失继续从事相关经营活动的资格。工商部门还可能会将相关信息通报给其他相关部门，如农业部门、食品安全监管部门等，以便共同加强监管。

在处罚的同时，工商部门也会加强对商家的教育和指导，促使其增强法律意识和食品安全意识，提高产品质量。并且会通过媒体等渠道公开曝光违法行为，以起到警示其他商家的作用。这样不仅有利于维护市场秩序和消费者权益，也有助于推动整个行业的健康发展。总之，工商部门对于农药残留超标商家的处罚是严格且多方位的，旨在确保市场上的农产品安全可靠。

《食品安全法》第一百二十四条第一款第一项

违反本法规定，有下列情形之一，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证：

（一）生产经营致病性微生物，农药残留、兽药残留、生物毒素、重金属等污染物质以及其他危害人体健康的物质含量超过食品安全标准限量的食品、食品添加剂。