借款超过诉讼时效后，可以通过与债务人协商、让债务人重新确认债务等方式来处理。

当借款超过诉讼时效时，并不意味着债权就完全丧失了法律效力。以下是一些可以考虑的处理方式。

尝试与债务人进行友好协商。尽管诉讼时效已过，但债务人可能基于诚信或其他因素愿意偿还部分或全部债务。通过沟通，双方可以达成新的还款协议或其他解决方案。

可以寻求让债务人重新确认债务。比如要求债务人出具书面的还款承诺、对账单确认等。这样可以使诉讼时效重新起算，为后续可能的法律行动创造条件。

另外，如果债务人在诉讼时效届满后自愿履行了部分或全部债务，那么不能以诉讼时效已过为由要求返还已履行的部分。

在某些特殊情况下，诉讼时效可能存在中断或中止的情形。例如，债权人在诉讼时效期间内向债务人主张权利、，或者因不可抗力等原因导致诉讼时效中止。

需要注意的是，尽管有上述处理方式，但超过诉讼时效的债权在法律保护上存在一定风险。为了避免这种情况的发生，债权人应及时关注债权的诉讼时效，在时效届满前采取相应的法律措施来维护自己的权益。同时，在借款时也应明确约定还款期限和相关条款，以减少日后可能出现的纠纷。

《中华人民共和国民法典》 第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。