借款超过诉讼时效可能会使在通过法律途径追讨时面临一定的困难，但仍有一些处理方式。

1. 争取债务人重新确认债务：可以与协商，让其重新出具、还款计划或者在原借条上签字确认，从而重新计算诉讼时效。

2. 收集诉讼时效中断的证据：如果在诉讼时效期间内，有向债务人主张权利的证据，比如短信、邮件、通话记录等，这些可以的证据。

3. 与债务人协商还款：即使超过诉讼时效，仍可以尝试与债务人友好协商，争取其自愿还款。

4. 考虑特殊情况：如果存在特殊情况导致无法及时主张权利，例如不可抗力等，可依据法律规定主张。

需要注意的是，不同地区的法律规定和司法实践可能会有所差异，具体处理方式应根据实际情况和当地法律规定来确定。

《中华人民共和国民法典》 第一百九十二条

诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。

诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。

《中华人民共和国民法典》 第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。