入职后员工可以与分公司签订合同。

在通常情况下，员工入职后是可以与分公司签订劳动合同的。分公司是总公司的分支机构，在法律上具有一定的独立性，但又与总公司存在密切的关联。

从法律角度来看，分公司虽然不具有独立的法人地位，但在其授权范围内可以从事一定的民事活动，包括与员工签订劳动合同。如果分公司经过总公司的合法授权，具备开展业务和雇佣员工的权限，那么与分公司签订的劳动合同是具有法律效力的。

与分公司签订合同也有一些需要注意的地方。首先，要确认分公司是否有合法的授权和资质来签订劳动合同。其次，要明确合同中的权利和义务，包括工作内容、工作地点、薪资待遇、福利保障等方面，确保与自身的期望和权益相符。此外，还需要关注合同中的违约责任和争议解决条款，以便在出现问题时能够及时有效地维护自己的权益。

同时，总公司通常对分公司的运营和管理负有一定的责任。如果分公司在履行劳动合同过程中出现问题，如拖欠工资、违法解除劳动合同等，员工可以依据相关法律规定，向分公司主张权利，也可以要求总公司承担相应的责任。在某些情况下，总公司可能需要对分公司的行为承担连带责任。

总之，员工入职后可以与分公司签订合同，但在签订前需要仔细审查合同条款和分公司的资质，以保障自己的合法权益。

《劳动合同法》第十条