如果消费者在使用花呗进行商品购买后，花呗商家同意退款，但消费者已经通过花呗还款服务完成了还款，并且此时花呗账户中的款项已经被划扣完毕，那么消费者是否还有权利向商家或花呗平台申请退回已还款项呢？这种情况下的处理方式可能会因具体情况而异，建议消费者联系商家，了解具体的退款流程和条件，因为部分商家可能会有特定的退款政策，消费者可以咨询花呗平台的客服，询问是否有相关的退费渠道或机制。

建议参考：

在遇到此类问题时，消费者应当保持耐心，积极与商家和花呗平台沟通解决，为了防止类似情况再次发生，消费者在使用花呗支付时应详细阅读商家的退货退款规则，并留意花呗的使用条款，确保了解清楚自己的权益，保存好所有的交易记录、聊天记录等信息，以便于后续可能的维权过程。

相关法条：

《中华人民共和国消费者权益保护法》第二十五条规定：“经营者采用网络、电视、电话、邮购等方式销售商品，消费者有权自收到商品之日起七日内退货，且无需说明理由，七日后消费者需要退货的，应当承担商品运输费用。”

虽然上述法条主要针对的是网购商品的七日无理由退货权，但消费者的权益保护范围并不仅限于此，对于通过花呗等第三方支付方式进行消费的情况，消费者依然可以根据具体合同约定和相关规定来维护自身的合法权益。

小编总结：

在花呗退款后发现已还清的情况下，消费者应及时与商家及花呗平台进行沟通，明确各自的权利和义务，在未明确解决方案前，消费者可以尝试通过法律途径寻求帮助，比如向消费者协会投诉或向法院提起诉讼，以期能够顺利追回已还款项。