离婚是一种解除婚姻关系的法律程序，而离婚后，特别是对于有子女的夫妻来说，抚养权的认定是一个非常重要的问题。在协议离婚中，双方可以自行协商并达成一致，但如何认定抚养权仍然需要遵循相关法律规定。

抚养权的认定应当以子女的最佳利益为出发点。法律强调，离婚后，子女的权益应当得到保护和尊重，双方父母应当共同承担抚养子女的责任。在协议离婚中，抚养权的认定应当以子女的身心健康、教育和成长为重点考虑因素。

抚养权的认定应当综合考虑双方父母的条件和能力。在协议离婚中，双方父母应当提供详细的个人情况，包括经济状况、工作稳定性、生活环境等方面的信息。这些信息将有助于法庭或相关部门评估双方父母承担抚养责任的能力。一般情况下，如果双方父母的条件和能力相当，法院或相关部门可能会倾向于共同抚养的决定。

抚养权的认定还应当考虑子女的意愿和意见。尤其是对于年龄较大的子女，他们的意见和意愿应当得到尊重和充分听取。法律规定，如果子女达到一定年龄，他们有权参与抚养权的决定。在协议离婚中，双方父母应当与子女进行充分的沟通和协商，尊重他们的意愿，并尽量达成一致。

协议离婚中，抚养权的认定还应当考虑双方父母的交往和合作态度。尽管婚姻关系已经解除，但双方父母仍然需要在子女的抚养问题上保持良好的合作和沟通。如果一方父母存在不良行为或不合作的情况，法院或相关部门可能会考虑将抚养权授予另一方。

协议离婚后抚养权的认定是一个复杂而敏感的问题。在认定抚养权时，应当以子女的最佳利益为出发点，综合考虑双方父母的条件和能力，尊重子女的意愿和意见，以及双方父母的交往和合作态度。通过合理的协商和沟通，双方父母可以达成一个符合实际情况和子女利益的抚养权协议。如有需要，可以寻求法律专业人士的帮助和指导，以确保协议离婚后抚养权的认定公正合理。