当员工因个人贷款问题导致延期还款，并且频繁地通过公司电话进行沟通时，作为公司管理者，应当采取以下几个步骤来妥善处理这一问题：

1、了解情况：与员工进行坦诚的沟通，了解贷款的具体情况、还款计划以及可能存在的困难。

2、内部政策：检查公司的内部政策，了解员工在遇到财务问题时应采取的正确程序。

3、财务援助：如果可能，提供财务援助，比如预支工资、调整薪资结构等，帮助员工解决短期财务问题。

4、法律咨询：如果员工的贷款问题严重影响到公司的运营，可以考虑寻求法律咨询，了解员工的贷款行为是否构成对公司的侵权或其他法律问题。

5、记录证据：在处理过程中，确保所有沟通和提供的援助都有记录，以备不时之需。

建议参考：

作为公司管理者，面对员工贷款延期未还的情况，应当保持冷静，遵循公司政策和法律法规，同时也要考虑到员工的个人情况和公司的人文关怀，通过合理的沟通和适当的援助，可以帮助员工解决问题，同时保护公司的利益和声誉。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一百七十六条：“民事主体依照法律规定或者按照当事人约定，履行民事义务，承担民事责任。”

《中华人民共和国劳动合同法》第九十条：“劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。”

小编总结：

员工贷款延期未还对公司造成的影响不容忽视，面对这种情况，公司应当采取积极的措施来解决问题，同时确保所有行动都符合法律法规和公司政策，通过有效的沟通和适当的援助，可以维护公司的利益，同时体现出对员工的人文关怀，在处理此类问题时，务必注意保留证据，以便在必要时采取法律行动。