个人申请工伤认定单位不配合，个人仍然可以按照规定自行申请，并且可以通过收集相关证据、向劳动行政部门反映等方式来保障自身权益。

根据《工伤保险条例》规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位不配合提出申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。

当单位不配合时，个人要注意收集能够证明劳动关系以及工伤事实的证据。证明劳动关系的证据包括劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等。若没有劳动合同，也可以通过其他材料来证明事实劳动关系。证明工伤事实的证据有医疗机构的诊断证明、事故现场的证人证言等。例如在工作中受伤，现场同事的证言就很关键。

在申请工伤认定时，劳动行政部门可能会要求用人单位提供相关材料或进行调查。如果用人单位拒不配合，劳动行政部门有权根据调查结果作出工伤认定决定。用人单位违反规定，拒不协助社会保险行政部门对事故进行调查核实的，由社会保险行政部门责令改正，处2000元以上2万元以下的罚款。

如果个人在申请工伤认定过程中遇到困难，还可以向劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。即使单位不配合，个人依然有途径和方法来申请工伤认定并获得应有的。

《工伤保险条例》 第十七条

职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。

用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。