不签三方协议，档案可以根据毕业生的具体情况选择转回原籍、托管到人才市场或由学校暂时保管等方式。

对于不签署三方协议的毕业生，档案的处理方式有多种。转回原籍是较为常见的一种选择。毕业生可以联系学校的相关部门，办理将档案转回户籍所在地的人力资源和社会保障局或其下属的人才服务中心。这样做的好处是方便日后需要档案时进行查询和调动。

可以选择将档案托管到人才市场。人才市场能够为档案提供专业的管理和服务，比如办理转正定级、职称评定等手续。毕业生可以根据自己未来的发展规划，选择合适的人才市场进行托管。

学校在一定时间内也可以暂时保管毕业生的档案。但需要注意的是，学校保管通常有一定的期限，超过期限后可能会将档案转回原籍或进行其他处理。

在处理档案问题时，毕业生要及时与学校沟通，了解学校的相关政策和具体流程。同时，也要结合自己的实际情况，如未来的就业地点、职业发展规划等因素，慎重选择档案的存放方式。档案对毕业生来说非常重要，它关系到个人的诸多权益和发展，如报考公务员、职称评定、工龄计算等，因此一定要妥善处理。

《中华人民共和国档案法》 第九条

机关、团体、企业事业单位和其他组织应当确定档案机构或者档案工作人员负责管理本单位的档案，并对所属单位的档案工作实行监督和指导。

中央国家机关根据档案管理需要，在职责范围内指导本系统的档案业务工作。