孕期协议离婚的办理与一般协议离婚程序类似，但需要特别注意相关法律法规对孕期妇女权益的保护。夫妻双方应就离婚意愿、财产分割、子女抚养等问题达成一致意见，并签订离婚协议书，然后共同到婚姻登记机关申请离婚登记。

在孕期，夫妻双方协议时，首先应当明确的是，法律对于孕期妇女在离婚中的权益有一定的特殊保护。

双方需要先就离婚事宜进行充分的协商，包括但不限于以下几个方面：

1. 离婚的意愿：确定双方均，不存在一方受胁迫等违背真实意愿的情况。

2. 财产分割：对夫妻共同财产进行合理的划分，明确各自应得的份额。需要注意的是，孕期妇女在财产分割上可能会受到一定的照顾。

3. 子女抚养问题：如果孩子尚未出生，应当对孩子出生后的抚养、教育、探望等事宜作出初步的约定。若孩子出生后，双方对抚养问题产生争议，可以另行协商或通过法律途径解决。

在达成一致意见后，双方应当签订书面的离婚协议书，协议书中应当清楚地载明上述协商的内容。

接下来，夫妻双方应共同亲自到一方常住户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。婚姻登记机关会对双方提交的材料进行审查，包括离婚协议书、身份证、户口簿、证等。

然而，在孕期协议离婚的情况下，婚姻登记机关可能会更加审慎地审查离婚申请，以确保女方的权益得到充分保障，避免女方因孕期特殊情况而做出冲动的决定。

此外，如果女方在怀孕期间、分娩后一年内或中止妊娠后六个月内，男方提出离婚的，除非人民法院认为确有必要受理男方离婚请求，否则一般不予受理。但如果是女方提出离婚的，或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的，不在此限。

总之，孕期协议离婚需要夫妻双方谨慎对待，充分考虑各种因素，依法依规办理相关手续，以保障自身和子女的合法权益。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十七条

自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。

前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。