学校扣在编教师工资是否违法，需要视具体情况而定。

学校扣在编教师工资是否违法不能一概而论。首先需要明确学校扣除工资的具体原因和依据。如果学校是按照合法的规章制度、合同约定或法律法规的要求，在特定情况下扣除工资，那么可能并不违法。例如，教师存在严重违反工作纪律、失职渎职等行为，给学校造成重大损失，学校依据相关规定扣除一定比例的工资作为惩戒，这种情况下通常是合理合法的。

如果学校没有合法的依据或理由，随意扣除教师工资，那就可能涉嫌违法。比如，学校以不合理的借口扣工资，或者扣除的金额超出了合理范围，这显然是不公正的。如果学校在扣除工资前没有履行相应的告知义务，也可能存在程序上的不合法。

在编教师在遇到工资被扣除的情况时，应该首先与学校进行沟通，了解扣除的原因和依据。如果认为学校的行为不合理，可以向学校的上级主管部门反映情况，寻求解决办法。同时，也可以咨询专业的法律人士，了解自己的权益和可能的法律途径。

教师作为劳动者，享有获得劳动报酬的权利，学校应当依法保障教师的合法权益。在任何情况下，扣除工资都应该遵循合法、合理、公平的原则，并且要有充分的依据和程序保障。只有这样，才能维护良好的教育教学秩序和教师的合法权益。

《事业单位人事管理条例》第三十二条

国家建立激励与约束相结合的事业单位工资制度。事业单位工作人员工资包括基本工资、绩效工资和津贴补贴。事业单位工资分配应当结合不同行业事业单位特点，体现岗位职责、工作业绩、实际贡献等因素。

第四十条

对事业单位人事管理工作中的违法违纪行为，任何单位或者个人可以向事业单位人事综合管理部门、主管部门或者监察机关投诉、举报，有关部门和机关应当及时调查处理。