三方协议离职是否麻烦不能一概而论，会受到多种因素的影响。

三方协议是《全国普通高等学校毕业生就业协议书》的简称，它是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。当涉及到三方协议的离职时，其复杂程度可能因具体情况而异。

如果毕业生在签署三方协议后想要离职，首先需要看协议中的具体条款，是否对离职有明确的规定和流程。有些协议可能规定了较为严格的离职条件和程序，比如需要提前通知用人单位、可能需要承担一定的违约责任等。

与用人单位的沟通和协商也非常重要。如果能够与用人单位友好协商，达成一致意见，那么离职过程可能会相对顺利。但如果用人单位不太配合，可能就会增加离职的难度。

学校在这其中也可能会起到一定的作用。学校可能需要对毕业生的离职进行审核或提供相关的手续。

为了尽量减少麻烦，建议毕业生在决定离职前，要仔细阅读三方协议，了解自己的权利和义务。同时，要及时与用人单位和学校进行充分的沟通，按照规定的流程和要求办理离职手续。如果遇到问题或争议，可以寻求学校就业指导部门或专业的帮助和建议。

总之，三方协议离职是否麻烦取决于多个因素，毕业生需要谨慎处理，以确保自身权益不受损害。提前做好充分的准备和沟通，是降低麻烦程度的关键。

《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》第二十四条

经供需见面和双向选择后，毕业生、用人单位和高等学校应当签订毕业生就业协议书，作为制定就业计划和派遣的依据。未经学校同意，毕业生擅自签定的协议无效。

第四十一条

毕业生持《报到证》到工作单位报到，用人单位凭《报到证》予以办理接收手续和户粮关系。凡纳入国家就业计划的毕业生，地方政府不得征收其城市增容费。

第五十条

有下列情形之一的毕业生，由学校报地方主管毕业生调配部门批准，不再负责其就业。在其向学校缴纳全部培养费和奖（助）学金后，由学校将其户粮关系和档案转至家庭所在地，按社会待业人员处理：不顾国家需要，坚持个人无理要求，经多方教育仍拒不改正的；自派遣之日起，无正当理由超过三个月不去就业单位报到的；报到后，拒不服从安排或无理要求用人单位退回的；其他违反毕业生就业规定的。