女方怀孕三个月提出离婚，可通过协议离婚或诉讼离婚来办理手续。

在女方怀孕三个月时提出，具体的手续办理如下。 如果双方都同意离婚，且对财产分割、子女抚养等问题能够达成一致意见，可以选择协议离婚。双方需要共同到婚姻登记机关申请离婚登记。根据相关法律规定，自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。 如果双方不能就离婚事宜达成一致，或者一方不同意离婚，那么女方可以向有管辖权的人民法院离婚。在诉讼过程中，法院会依法对离婚请求、财产分割、子女抚养等问题进行审理和裁决。需要注意的是，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。 在办理离婚手续的过程中，双方应当妥善处理好相关问题，尤其是涉及到未出生子女的权益保障。同时，要依法依规进行操作，确保自身的合法权益得到维护。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。