恶意别车交通事故是指某一方在驾驶过程中故意与其他车辆发生碰撞或追尾，以达到恶意破坏他人车辆或人身安全的目的。这种行为不仅违反交通法规，还涉及到刑事犯罪。在处理恶意别车交通事故时，有关部门应采取以下措施进行处罚。

1. 立案调查

一旦发生恶意别车交通事故，相关部门应立即接受报案，并展开调查。调查人员应当赶到现场勘查，收集证据，包括事故现场照片、事故车辆状况、目击证人证言等。调查人员还应核实涉案车辆的所有者和驾驶人信息，以便进一步调查。

2. 刑事责任追究

恶意别车交通事故涉及到人身伤害或财产损失时，相关部门应将其视为刑事犯罪行为进行追究。根据刑法相关规定，对于故意伤害他人身体的行为，可依法追究刑事责任。如果恶意别车行为导致他人死亡，相关部门还应调查是否构成过失致人死亡罪。

3. 民事赔偿

恶意别车交通事故造成的财产损失，受害人有权要求赔偿。相关部门应指导受害人依法提起民事诉讼，要求对方支付医疗费、车辆维修费以及精神损失费等。法院将根据事故的具体情况，判断责任，并依法判决赔偿金额。

4. 撤销驾驶证

对于恶意别车行为的驾驶人，相关部门应依法撤销其驾驶证，并在一定期限内禁止重新申领。这样可以有效地防止驾驶人再次参与类似的恶意别车行为，并对其进行警示和教育。

5. 公共安全教育

恶意别车交通事故的发生，不仅对受害人造成伤害，也给社会带来不安全因素。相关部门应加强公共安全教育，提高驾驶人的安全意识和法律意识，通过宣传教育活动，让驾驶人了解恶意别车行为的危害性和法律后果，从而减少此类交通事故的发生。

恶意别车交通事故是一种严重的违法行为，涉及到刑事犯罪和民事赔偿。相关部门应当依法对恶意别车行为进行立案调查，并追究刑事责任。受害人有权要求赔偿，法院将根据事实和法律判决赔偿金额。对于恶意别车行为的驾驶人，应撤销其驾驶证，并加强公共安全教育，以提高驾驶人的安全意识和法律意识。通过这些措施的实施，可以有效地预防和减少恶意别车交通事故的发生。