当夫妻双方在孩子三周岁时离婚，孩子的抚养权判决通常会考虑多种因素，以确保孩子的最佳利益，根据中国《民法典》的规定，法院在判决抚养权时会考虑孩子的年龄、身心健康状况、父母的经济状况、抚养能力、教育背景以及父母的意愿等因素。

建议参考：

在实际操作中，建议父母双方在离婚时尽量协商一致，共同决定孩子的抚养安排，如果协商不成，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决抚养权问题，也可以考虑孩子的意见，尽管三周岁的孩子可能还不能完全表达自己的意愿，但法院会根据孩子的反应和行为来判断其偏好。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条：“离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”

小编总结：

在孩子三周岁离婚的情况下，孩子的抚养权判决将依据《民法典》的相关规定，综合考虑各种因素，以孩子的最佳利益为依据，父母应尽可能通过协商解决抚养权问题，如果无法达成一致，可以依法向人民法院提起诉讼，请求判决抚养权归属。