一、机关与企业的借款合同是否有效

依据《中华人民共和国民法典》之相关规定，民事法律行为得以生效的前提在于行为人具备与其相适应的民事行为能力、其意思表示真实且准确，且不得违反任何法律或行政法规所规定的强制性要求，同时也不能悖逆公共秩序和善良风俗的基本原则。

因此，某机关与某企业之间签订的借款合同若能满足上述所有条件，即为真实意思表示，且未触犯任何法律强制性规定以及公共秩序和善良风俗，那么该合同便具有了法律约束力。

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力;

（二）意思表示真实;

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

第六百六十七条

借款合同是借款人向人借款，到期返还借款并支付利息的合同。

第六百六十八条

借款合同应当采用书面形式，但是自然人之间借款另有约定的除外。

借款合同的内容一般包括借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。

二、借款合同中能不能既主张罚息又主张违约金

在债务纠纷中的借款合同时，可以同时主张延迟支付利息和违约金条款，两者的实施并无冲突。

具体来说，利息支付主要是由协议双方协商决定的事项，而违约金则归属于违约责任的范畴。

根据我国最新的《中华人民共和国民法典》的相关规定，当各方对于延迟付款约定了违约金的情况下，违约方在支付违约金之后，仍需要履行自己的还款义务。