当夫妻双方在离婚时面临两个女儿的抚养权问题时，法院在判决时会考虑多种因素，以确保最终的抚养安排最符合孩子们的最佳利益，根据《中华人民共和国民法典》的规定，法院在处理抚养权问题时，通常会考虑以下因素：

1、子女的年龄和性别：年龄较小的子女可能更需要母亲的照顾，而年龄较大的子女可能已经形成对某一抚养人的依赖。

2、双方的经济条件：包括收入、工作稳定性、教育背景和生活条件等，这些因素直接影响到子女的生活质量和教育机会。

3、双方的抚养能力：包括身体健康状况、教育和抚养子女的经验等。

4、子女的意愿：如果子女已经有足够的判断能力，他们的意愿也是法院考虑的重要因素。

5、双方的抚养条件：包括居住环境、家庭氛围、对子女的关爱程度等。

建议参考：

在实际操作中，如果双方能够就抚养权问题达成一致意见，可以通过协议离婚的方式解决，如果无法达成一致，可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出判决，在诉讼过程中，建议当事人提供充分的证据来证明自己的抚养条件和对子女的关爱，以便法院能够作出有利于子女利益的判决。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条：“父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”

小编总结：

在离婚时处理两个女儿的抚养权问题时，法院会根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，综合考虑多种因素，包括子女的年龄、双方的经济条件、抚养能力、子女的意愿以及抚养条件等，以确保判决结果最符合孩子们的最佳利益，在诉讼过程中，当事人应提供充分的证据来支持自己的主张，并尽可能通过协商达成一致，以便于子女的健康成长。