当一个男人在婚姻关系存续期间出轨，并且与他人有了孩子，这种情况下，法院在判决时会考虑多种因素，法院会评估婚姻的忠诚度和破裂的原因，包括出轨行为对婚姻关系的破坏程度，法院会考虑孩子的最佳利益，包括抚养权的归属、抚养费的支付以及探望权的安排，法院还会考虑出轨父亲在婚内的过错程度，以及这种过错对家庭财产分割的影响，在某些情况下，法院可能会因为出轨父亲的过错而减少其应得的财产份额。

建议参考：

在处理此类案件时，建议当事人寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分的保护，律师可以通过收集证据、评估证据的法律效力以及提出有说服力的论点来帮助当事人在法庭上争取有利的判决。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条：“父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。”

小编总结：

婚内出轨并育有子女的案件，法院在判决时会综合考虑婚姻忠诚度、子女最佳利益、过错程度以及家庭财产分割等因素，对于当事人而言，寻求专业律师的帮助是非常重要的，律师的专业知识和经验可以帮助当事人在法庭上争取有利的判决，当事人也应当注意收集和保留相关证据，以支持自己的诉求。