南京协议离婚是指夫妻双方通过协商一致，依法解除婚姻关系的一种方式。下面是南京协议离婚的办理流程：

双方需达成离婚协议。离婚协议应包括离婚原因、子女抚养、财产分割等内容，双方应在协议中明确各自的权益和责任。

双方需前往当地的民政局进行登记。在登记时，双方需提供身份证明、结婚证、户口本等相关材料，并填写离婚登记表。登记时，民政局工作人员会对双方进行询问，确认双方真实意愿，并告知双方离婚后的法律后果。

然后，民政局会对离婚协议进行审查。审查主要是检查协议是否符合法律规定，是否对子女的抚养和财产分割做了合理的安排。如果协议存在问题，民政局会要求双方进行修改。

民政局会为双方发放离婚证。离婚证是离婚的法律凭证，双方需妥善保管。离婚证的发放标志着离婚手续的完成。

需要注意的是，南京协议离婚是一种自愿离婚方式，双方需达成一致意见。如果双方无法达成一致，或者存在家庭暴力等特殊情况，建议寻求法律援助，通过法院进行诉讼离婚。

离婚后双方还需办理一些相关手续，如财产过户、子女抚养权的确认等。双方应根据实际情况咨询相关部门或律师，确保自己的权益得到保护。

南京协议离婚是一种便捷、快速的离婚方式，但双方需真实、明确地达成协议，并按照规定的程序进行办理。只有在双方共同的努力下，才能顺利解除婚姻关系，实现离婚的目的。