如果一个夫妻在分居三年后决定离婚，他们可以通过起诉的方式来解决这个问题。以下是一些步骤和注意事项，以帮助他们顺利进行离婚程序。

夫妻双方应该寻求法律咨询，了解他们所在地的离婚法律程序。每个地区的法律可能有所不同，因此他们需要确保自己了解适用于他们的具体法律。

接下来，他们需要准备相关文件，如离婚申请书和财产分割协议。离婚申请书应包含双方的个人信息、分居时间和原因，以及他们对财产、债务和子女抚养的要求。财产分割协议应详细说明双方对共同财产的分配。

在起诉离婚之前，夫妻双方可以尝试通过调解或婚姻辅导来解决他们之间的分歧。这可以帮助他们达成一致，并减少法律纠纷的可能性。如果调解或辅导不成功，他们可以继续起诉离婚。

在起诉离婚后，夫妻双方需要出庭，并提供相关证据和文件支持他们的主张。法院将会审理他们的案件，并作出决定。在审理过程中，他们可以聘请律师代表自己，以确保自己的权益得到保护。

一旦法院作出离婚判决，夫妻双方需要遵守判决的内容。这可能包括财产的分割、子女抚养和探视权的安排。如果一方不遵守判决，另一方可以采取法律措施来强制执行。

起诉三次分居三年离婚需要一定的法律程序和准备工作。夫妻双方应该寻求法律咨询，准备相关文件，并在法庭上提供证据和支持自己主张的文件。最重要的是，无论结果如何，双方都应该尊重法院的判决，并遵守其中的规定。