离婚是一件令人痛苦和复杂的事情，尤其是当夫妻中的一方离家三年后才决定离婚。在这种情况下，以下是一些建议来处理这个问题。

与离家的妻子进行沟通。在决定离婚之前，双方应该坐下来谈一谈，听取对方的想法和感受。这样做可以帮助双方更好地理解彼此的立场，并找到解决问题的最佳方式。

寻求法律咨询。离婚是一个涉及法律程序的过程，因此寻求专业的法律咨询是很重要的。咨询律师可以帮助你了解离婚的法律程序和你的权益，以及提供相关的法律建议。

接下来，准备离婚文件。在离婚过程中，你需要准备一些文件，如离婚申请书、财产分割协议等。这些文件将在离婚程序中起到重要的作用，确保你的权益得到保护。

然后，寻求调解或仲裁。如果双方对离婚事宜存在争议，可以考虑寻求调解或仲裁。这将有助于双方达成共识，并避免长时间的法律纠纷。

完成离婚程序。一旦所有的文件和程序都准备好了，你可以向法院提交离婚申请。法院将审理你的案件，并作出最终的裁决。

处理离家三年后的离婚问题需要耐心和冷静。与离家的妻子进行沟通，寻求法律咨询，准备相关文件，寻求调解或仲裁，最终完成离婚程序。这些步骤将有助于你顺利解决离婚问题，并保护你的权益。