已申报个税减免但仍被扣税可能存在多种原因。

需要确认申报的个税减免信息是否准确无误。如果申报信息有误，比如减免项目填写错误、金额不准确等，都可能导致实际扣税情况与预期不符。

要考虑是否存在时间差的问题。申报个税减免后，可能系统处理需要一定时间，在这个过程中可能会先按照未减免的情况进行扣税，后续再进行调整。

不同的个税减免项目可能有特定的条件和规定。例如，某些专项附加扣除可能需要满足一定的居住时间、教育阶段等条件。如果不满足这些条件，即使申报了也无法享受减免。

另外，税务政策和法规也可能发生变化。如果新的政策对减免条件或范围进行了调整，而个人没有及时了解和适应，也可能导致扣税差异。

还有可能是申报流程出现问题。比如申报未成功提交，或者提交后系统未正确接收和处理。

如果遇到已申报个税减免但仍被扣税的情况，建议采取以下措施：一是仔细核对申报信息，确保准确无误；二是耐心等待一段时间，看是否会有后续调整；三是咨询税务部门或专业人士，了解具体情况和解决办法。通过以上方式，可以更好地解决这一问题，保障自身的合法权益。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条

下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：

（一）工资、薪金所得；

（二）劳务报酬所得；

（三）稿酬所得；

（四）特许权使用费所得；

（五）经营所得；

（六）利息、股息、红利所得；

（七）财产租赁所得；

（八）财产转让所得；

（九）偶然所得。

居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。