法院扣除银行卡中的资金主要基于以下两种情况：

1、被执行人未按照执行通知履行法律文书规定的义务。判决生效后，如果被执行人未能按照判决或调解书的内容履行相关义务，如支付款项、交付财产等，申请人可以向法院申请强制执行。法院有权对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结、划拨等措施，以强制其履行义务。被执行人的银行卡上有存款的，法院可以依法扣除这些存款以履行义务。

2、担保人未履行担保义务。若个人向债务人提供担保，且债务人未能履行有关义务，债权人可要求担保人承担担保责任。担保人未履行担保义务的，法院还可以查封、扣押、冻结、划拨担保人财产，包括扣除银行卡中的存款。

法院在扣除银行卡存款时，会遵循法定程序和规定，以确保程序的合法性和公正性。与此同时，被执行人或者担保人也有权依法提出异议和上诉。为了及时采取措施保护自己的合法权益，建议在执行过程中与法院保持沟通，了解执行进度和注意事项。

法律依据：

《中华人民共和国民事诉讼法》

第二百二十七条

执行过程中，案外人对执行标的提出书面异议的，人民法院应当自收到书面异议之日起十五日内审查，理由成立的，裁定中止对该标的的执行理由不成立的，裁定驳回。案外人、当事人对裁定不服，认为原判决、裁定错误的，依照审判监督程序办理与原判决、裁定无关的，可以自裁定送达之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

第二百四十三条

被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权扣留、提取被执行人应当履行义务部分的收入。但应当保留被执行人及其所扶养家属的生活必需费用。

人民法院扣留、提取收入时，应当作出裁定，并发出协助执行通知书，被执行人所在单位、银行、信用合作社和其他有储蓄业务的单位必须办理。