男方婚内出轨且与小三有孩子的情况下办理，主要有以下几种方式：

1. ：如果双方能够就离婚相关事宜，包括财产分割、等达成一致意见，可以签订，然后共同到申请。经过 30 天的离婚冷静期后，双方共同前往机关领取。

2. ：若双方无法达成，或者一方不同意离婚，另一方可以向法院提起。在诉讼中，需要提供男方出轨的证据，比如聊天记录、照片、视频等，这可能会对财产分割和归属产生影响。法院会根据双方的具体情况，判决是否准予离婚，并对财产分割、子女等问题作出。

需要注意的是，男方的出轨行为在时可能被认定为方，有权请求。同时，对于的归属，法院会综合考虑子女的意愿、双方的抚养能力和抚养条件等因素来判定。

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十九条

夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。

人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。

有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：

（一）重婚或者与他人同居；

（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；

（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；

（四）因感情不和分居满二年；

（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。

一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。

经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。