特别重大事故由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。

根据《生产安全事故报告和调查处理条例》的规定，特别重大事故是指造成30人以上死亡，或者100人以上重伤（包括急性工业中毒），或者1亿元以上的事故。

这种级别的事故影响巨大，需要国家层面高度重视和统筹处理，以确保调查的全面、深入、公正和权威，从而有效预防类似事故的再次发生，并对相关责任进行严肃追究。

《生产安全事故报告和调查处理条例》第十九条

特别重大事故由国务院或者国务院授权有关部门组织事故调查组进行调查。

重大事故、较大事故、一般事故分别由事故发生地省级人民政府、设区的市级人民政府、县级人民政府负责调查。省级人民政府、设区的市级人民政府、县级人民政府可以直接组织事故调查组进行调查，也可以授权或者委托有关部门组织事故调查组进行调查。

未造成人员伤亡的一般事故，县级人民政府也可以委托事故发生单位组织事故调查组进行调查。